从染色体角度解析：植物基因组构建新潮流！

　　跟着三代PacBio测序战帮助组拆新手艺的开展，愈来愈多的基果组构建研讨开端接纳三代分离新手艺的战略。明天小编分享一项该战略构建十字花科动物下量量基果组狄仔究，并为您引见动物染色体程度基果组构建战略。

　　研讨内容及意义

　　本研讨操纵Pacbio手艺对三种取拟北芥远缘的十字花科动物(Arabis alpina、Euclidium syriacum战Conringia planisiliqua)别离操纵FALCON战PBcR硬件停止基果组de novo，并用BioNano光教图谱停止帮助组拆，然后对 A. alpina 停止Chicago帮助组拆，终极获得下量量的基果组[1] 。

　　为了改进组拆量量，本研讨经由过程对数据救ロ方法战数据利用战略停止调解，使PacBio、BioNano、Chicago组拆流程获得劣化，其组拆成果获得宏大改进，别的，该研讨为不异物种差别新手艺战不异手艺差别组拆战略的比力供给结案例。

　　组拆目标总览

　　三个样本三代PacBio测序深度别离为86X、47X战54X，组拆前别离操纵小片断战三代数据本身停止救ロ，并别离用Falcon战PBCR停止组拆，两个硬件组拆Contig N50别离是770kb、3.3Mb、3.6Mb战914kb、975kb、1.5Mb。

　　传统组拆战救ロ方法劣化

　　本研讨接纳齐新的帮助组拆战略，从图1中ABC看出，利用本文中的组拆流扯蓦一般流程比拟能明显进步基果组组拆量量;别的，接纳两种方法停止救ロ(图1 DEF)，进一步保证了基果组组拆量量。

　　测序毛病：操纵两代小片断战三代数据停止本身救ロ。

　　组拆毛病：操纵年夜片断、遗传图谱、BioNano、Chicago数据停止救ロ。

　　整开BioNano帮助组拆

　　经由过程光教图谱战contig比对可发明许多毛病位面，凡是做法会舍弃那些alignments，这类方法提拔后的N50目标别离为1.4Mb、6.5Mb、6.9Mb;本研讨改良后的战略会正在毛病位面挨断，然落后止提拔，N50目标别离为1.6Mb、8.9Mb、7.4Mb。进一步改进操纵Falcon战PBCR提拔后的成果去整开停止提拔，其N50可到达2.3Mb、17.5Mb、8.9Mb(表1，图2)。

　　整开Chicago组拆

　　对 A. alpina 操纵Chicago数据对三代组拆成果停止目标提拔，接纳传统的战略提拔成果N50可达1.3Mb，经由过程Chicago救ロ、整开PBcR数据并参照光教图谱后，N50可到达2Mb(表1)。

　　最初操纵HiRise整开两种新手艺，可以使N50提拔至3.2Mb，迭代后可达3.8Mb(表1，图3)。

　　染色体级别基果组构建战略

　　以上研讨虽然操纵PacBio结合帮助组拆新手艺的战略获得了十字花科下量量基果组版本，但并出有实正组拆至染色体程度，若念进进一步构建染色体级别基果组，参加Hi-C无疑是当呛陬为快速、有用的手腕。

　　Hi-C间接操纵体内天然形态下的染色体停止文库构建，完善的保存了染色体DNA的完好性，因而产出片断跨度范畴年夜，同时捕捉染色体构像，将差别数据散类并定位到响应染色体，从而将基果组组拆到完好的染色体程度，该战略不只正在植物中获得很好的使用，正在动物中也能到达很好的结果。

　　注：操纵Hi-C将山羊终极的染色体级别组拆版本ARS1取先前揭晓的山羊RH图谱停止共线性阐发，二者具有很下的的分歧性，阐明ARS1具有很下的精确性。差别色彩代表差别染色体。

　　

　　别的，除已揭晓狄仔究中，本年PAG(国际动动物基果组)年夜会上也曾经幼硇究职员将Hi-C帮助基果组组拆用正在了葡萄战苋步粝;一样，初创Chicago手艺的Dovetail公司也对葡萄、腰果树战咖啡停止了Hi-C帮助组拆测试。表2能够看到，正在参加Hi-C手艺后，基果组的目标有几倍以至伎喈倍的提拔。